Starania o ściągnięcie do Sztumu jednostki wojskowej, podejmowane przez landrata Waltera von Auwersa, mające na celu gospodarcze ożywienie mocno zdominowanego przez rolnictwo okręgu sztumskiego, zostały w roku 1913 uwieńczone sukcesem.

    Zbudowane w Sztumie koszary, pomiędzy ul. Dworcową (ul. Reja) i Szosą Malborską (ul. Sienkiewicza), zostały ukończone jeszcze w tym samym roku.

    Jesienią tego roku Sztum został miastem garnizonowym. Do miasta przerzucone zostały w trybie nagłym cztery kompanie z 18, 33, 41 i 146 pułków piechoty z I korpusu (Królewiec) oraz XX Korpusu (Olsztyn) armii cesarskiej i 1 października 1913 roku utworzyły III Batalion 152. Królewsko-Pruskiego Pułku Piechoty Zakonu Niemieckiego. Po przybyciu do Sztumu żołnierze batalionu powitani zostali na Rynku przez mieszkańców miasta a mowę powitalną wygłosił burmistrz Schmidt.

    Klika miesięcy później cesarz Wilhelm II wręczył w berlińskiej Zbrojowni batalionowi chorągiew. Odkomenderowanie tych kompanii do Sztumu, dosłownie z dnia na dzień, spowodowało, iż jednostka musiała zostać początkowo rozlokowana prowizorycznie, do czasu aż nowe koszary nie zostały całkowicie ukończone i wyposażone.

    Na początku więc batalion ulokowany został w barakach obozu, który położony był pomiędzy Centralnym Więzieniem na ulicy Bydgoskiej a Szosą Malborską (ul. Sienkiewicza). Od początku 1 wojny światowej do jej końca, obóz służył rannym żołnierzom jako lazaret, później – przeznaczony został na mieszkania zastępcze dla ubogich mieszkańców miasta.

    W 1683 roku wielki pożar spustoszył miasto, niszcząc także Ratusz Miejski. Po wojnach szwedzkich Sztum ostatecznie utracił swoje militarne znaczenie. Najpierw rozebrane zostały baszty obronne a potem (częściowo) także mury miejskie i zamkowe. W tym okresie Sztum był małym prowincjonalnym miasteczkiem leżącym w pobliżu Malborka (w 1772 roku miał tylko 503 mieszkańców).

    Po 1. rozbiorze Polski (1772) Sztum włączony został do Królestwa Pruskiego i stał się teraz siedzibą pruskiego Urzędu Katastralnego i pruskiego Zarządu Majątków Państwowych. W czasie krajowego spisu powszechnego w 1772 roku, w obrębie murów miejskich Sztumu stało 75 domostw i pewna, nieokreślona, liczba domów na przedmieściu. W spisie obiektów wymienione zostały też: Ratusz Miejski, dom słodowy, browar, dwa wyszynki, kościoły ewangelicki oraz katolicki, szpital ewangelicki i katolicki Szpital św. Ducha. Za główne źródła utrzymania tego rolniczo-mieszczańskiego miasteczka uznawane były: uprawa roli, hodowla bydła, rzemiosło, handel, gorzelnictwo i browarnictwo.

    Ludność niemiecka w Prusach Zachodnich stanowiła wtedy około 50% liczby mieszkańców. W tym czasie w Sztumie i okolicy nazwy polskie miało 75 miejscowości a nazwy niemieckie 57 miejscowości. Od czasu niemieckiej wojny wyzwoleńczej 1812/1813 r. Sztum rozwijał się powoli ale regularnie. W 1818 roku utworzony został powiat sztumski. Od połowy XIX wieku sytuacja gospodarcza kraju znacznie się poprawiła, w wyniku czego doszło do szybkiego rozwoju miasta. Liczba mieszkańców wzrosła z 918 w 1804 roku do 2265 w roku 1890. Włączenie do miasta przedmieść i podmiejskich miejscowości  w latach 1908-1924 (Podzamcze, Zajezierze, Ostrów, Lipka, Sztumskie Pole, Sztumska Wieś) zapewniło Sztumowi powierzchnię, odpowiadająca raczej obszarowi wielkiego miasta.

    Spór o koronę szwedzką, pomiędzy polskim królem Zygmuntem III Wazą i królem szwedzkim Gustawem II Adolfem Wazą, doprowadził do konfliktu Polski ze Szwecją. Zatarg ten i rywalizacja obu potęg o dominację nad Bałtykiem przyniosła ziemi pruskiej po raz kolejny wojnę. W lipcu 1626 roku Gustaw II Adolf wylądował w Piławie. W przeciągu kilku tygodni Szwedzi zajęli wszystkie miasta Prus położone wzdłuż wybrzeża Zalewu Wiślanego. Już na samym początku wojny Sztum bez oporu zajęty został przez oddziały szwedzkie. Dnia 26 czerwca 1629 roku doszło w pobliżu miasta do bitwy pod Trzcianem, jednej z większych w tej wojnie, która do historii przeszła też pod mianem bitwy pod Sztumem. Po zawarciu 6-letniego rozejmu w Starym Targu (26 września 1629 r.) Sztum obsadziły oddziały brandenburskie. Wybrzeże Prus, od Gdańskiej Głowy aż po Kłajpedę, z całym zapleczem terytorialnym, pozostało w szwedzkich rekach.

    Wojnę zakończył traktat w Sztumskiej Wsi (12 września 1635 r.), który przyniósł przedłużenie rozejmu z 1629 roku o 26 lat i wycofanie się Szwedów z Prus. Spór o koronę szwedzką nie został jednak tym traktatem rozstrzygnięty. W 1655 roku, jeszcze przed upływem rozejmu, król szwedzki Karol X Gustaw, ponownie zaatakował Polskę. Już na samym początku tej wojny Sztum znowu dostał się w ręce Szwedów. Okupacja Sztumu zakończyła się dopiero po zawarciu Pokoju Oliwskiego (1660). Spis inwentarza w starostwie sztumskim, przeprowadzony w 1664 roku, wykazał, że cała kraina została w czasie wojny całkowicie spustoszona.

     Walka o dominację nad Bałtykiem kontynuowana była także w XVIII wieku. W wojnie północnej (1701-1721) Sztum został po raz kolejny obsadzony przez szwedzkie oddziały.

    Po 2. Pokoju Toruńskim Sztum i Malbork, wraz z ziemią chełmińską, Warmią i zachodnią częścią ziemi pruskiej (Pomorzem Nadwiślańskim) znalazły się pod protektoratem Korony Polskiej. Przekazanie miasta i zamku królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi miało miejsce dnia 6 stycznia 1486 roku. Sztum został teraz rezydencją polskich starostów, siedzibą malborskiego Sądu Ziemskiego i czasowym miejscem posiedzeń wojewódzkiego sejmiku. Utracone przez Zakon tereny (bez Warmii) zostały odstąpione królowi polskiemu jako królewska część Prus i utworzyły autonomiczny kraj, powiązany z Koroną polską unia personalna. W jakiś czas później królowie polscy przestali uznawać postanowienia przywileju inkorporacyjnego dla Prus z 1454 roku i znieśli unie personalną z Prusami Królewskimi. Przeciw polskim planom aneksyjnym i o niezależność tej ziemi walczyli w XV i XVI wieku na drodze politycznej liczni obywatele Prus, m.in. Georg Kleefeld i wojewoda malborski Achacy Czerna (1485-1565). Po swojej śmierci Czema pochowany został w sztumskim kościele.
    Cztery lata później, mimo sprzeciwu Stanów Pruskich, włączeniem tej krainy do Królestwa Polskiego odrębność Prus Królewskich została zniesiona (Dekret Lubelski z 1569 roku). Wraz z upadkiem Zakonu Niemieckiego Sztum stracił swoje znaczenie. Od tego momentu zamek jako twierdza osłonowa przed Malborkiem nie odgrywał już żadnej roli. Miasto co raz bardziej podupadało. W roku 1553 król polski Zygmunt II August potwierdził wprawdzie sztumski przywilej miejski, rozszerzył go o doroczny i tygodniowy targ oraz podarował miastu ziemię w Benowie na urządzenie składu zboża, ale niewiele to pomogło. Minimalne znaczenie Sztumu w gronie miast z terenu Prus Królewskich potwierdza lista podatkowa z 1580 roku. Mniej podatku od Sztumu płaciły w tej krainie tylko Puck i Biały Bór.

    Dzięki wsparciu ze strony Rządu Rzeszy doszło z końcem lat dwudziestych do gospodarczego ożywienia okolic Sztumu. Po przejęciu władzy przez narodowych socjalistów (1933) stało się to jeszcze bardziej widoczne. Panowanie nazistów odcisnęło wyraźnie piętno na obliczu całego powiatu. W tym czasie utworzony został obóz Służby Pracy w Ryjewie i Narodowo-Polityczny Zakład Wychowawczy (NPEA) w Sztumie. Innymi, represyjnymi, poczynaniami faszystowskiego rządu dotknięci zostali przede wszystkim żydowscy i polscy mieszkańcy powiatu. Utrwalone przez stulecia dobrosąsiedzkie współżycie pomiędzy Niemcami, Polakami i Żydami zostało teraz zniszczone. Do najbardziej smutnych wydarzeń z tego okresu zaliczyć należy spalenie Synagogi w Sztumie (przy ul. Wodnej) w noc z 9 na 10 listopada 1938 roku.

    Z wybuchem wojny we wrześniu 1939 roku rozpoczął się najstraszliwszy rozdział w dziejach miasta. Od jesieni tego roku powiat sztumski należał, po włączeniu Gdańska i tzw. Korytarza do Rzeszy Niemieckiej, do nowo utworzonego Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie. W czerwcu 1941 roku  rozkwaterowane zostały w Sztumie oddziały Dywizji Piechoty Greif (Gryf), maszerującej na wschód. Z załamaniem się frontu wschodniego zakończyło sie spokojne życie mieszkańców Sztumu. W 2 połowie 1944 roku przez Gdańsk-Nowy Port przerzucony został, z okrążonej już prawie Kurlandii, do Sztumu Szpital Wojskowy nr 91. Oddziały chirurgiczne lazaretu rozmieszczone zostały w hali sportowej, w zachodniej części koszar i w Szkole dla Chłopców. Z końcem roku do Sztumu dotarli pierwsi uciekinierzy z Prus Wschodnich. Na krótko przed wkroczeniem rosyjskich oddziałów do miasta ewakuowano na zachód prawie 90% mieszkańców Sztumu. W dniach 21-22 stycznia 1945 roku przez miasto przeciągnęły wielkie kolumny uciekinierów, zmierzające w kierunku Malborka i Gdańska. Ci mieszkańcy miasta, którzy jeszcze go nie opuścili, poszli ich śladami. Do południa 23 stycznia z miasta uciekli prawie wszyscy jego mieszkańcy. Dnia 25 stycznia 1945 roku Sztum został bez walki zajęty przez oddziały sowiecki. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do miasta wiele budynków w Sztumie zostało podpalonych. W następstwie tego centrum miasta zostało zniszczone w 50%.